Sekretariat Daerah Kota Pagar Alam dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Pagar Alam Nomor 3 tahun 2003 dan diubah dengan Peraturan Daerah Kota Pagar Alam Nomor 2 Tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Laksana Sekretariat Daerah Kota Pagar Alam, Sekretariat Daerah Kota Pagar Alam dipimpin oleh Sekretaris Daerah, membawahi:

1. 3 Staf Ahli yaitu:

1. Staf Ahli bidang Pemerintahan

2. Staf Ahli bidang Kemasyarakatan dan Sumber Daya Manusia

3. Staf Ahli bidang Ekonomi, Keuangan dan Pembangunan

2. 3 Asisten Sekretaris Daerah yaitu:

1. Asisten I bidang Pemerintahan Umum dan Kesejahteraan Rakyat

2. Asisten II bidang Perekonomian dan Pembangunan

3. Asisten III bidang Administrasi Umum

3. 10 Bagian terdiri dari :

1. Bagian Humas dan Protokol

2. Bagian Umum dan Perlengkapan

3. Bagian Hukum

4. Bagian Organisasi Tata Laksana

5. Bagian Administrasi Pemerintahan Umum

6. Bagian Administrasi Pembangunan

7. Bagian Admnistrasi Sumber Daya Alam

8. Bagian Administrasi Kemasyarakatan

9. Bagian Administrasi Perekonomian

10. Bagian Administrasi Kesejahteraan Rakyat