Dinas-Dinas dilingkungan Pemerintah Kota Pagar Alam dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Pagar Alam Nomor 5 Tahun 2003 dan diubah dengan Peraturan Daerah Kota Pagar Alam Nomor 4 tahun 2008 dan kembali diubah dengan Peraturan Daerah Kota Pagar Alam Nomor 2 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Laksana Dinas-DInas Daerah Kota Pagar Alam.

Dinas-Dinas dilingkungan Pemerintah Kota Pagar Alam sebanyak 13 Dinas yang terdiri dari:

1.  Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga

2.  Dinas Perhubungan, Komunikasi dan Informatika

3.  Dinas Pekerjaan Umum

4.  Dinas Pariwisata dan Seni Budaya

5.  Dinas Sosial dan Tenaga Kerja

6.  Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset

7.  Dinas Kependudukan dan Catatan Sipil

8.  Dinas Kebersihan dan Pertamanan

9.  Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi dan UKM

10. Dinas Kehutanan dan Perkebunan

11. Dinas Tanaman Pangan dan Hortikultura

12. Dinas Kesehatan

13. Dinas Peternakan dan Perikanan